Родился в 1897 г. Место рождения: Латвия, г. Рига.
Латыш.
Род деятельности к моменту ареста - "Щелковский химический завод: политрук военизированной пожарной охраны".
Был член ВКП(б) с 1917.
Последний раз Ян Янович Швагер был арестован 13 января 1937 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД СССР и Прокурора СССР 20 февраля 1937 г. Был расстрелян 28 февраля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 3 сентября 2001 г. за отсутствием состава преступления.