Родился в 1912 г. Место рождения: с. Пустошь Лейнера Новосельского р-на Ленинградской обл.
Латыш.
Род деятельности к моменту ареста - "контрольный мастер Лианозовского вагоноремонтного завода.".
Был беспартийным.
Последний раз Александр Яковлевич Агген был арестован 9 января 1938 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратуры СССР 23 марта 1938 г. Был расстрелян 5 апреля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 21 сентября 1957 г. за отсутствием состава преступления.