Родился в 1895 г. Место рождения: Курская обл., Мценский р-н, с. Подвысокое.
Русский.
Род деятельности к моменту ареста - "депо Лихоборы Моск. окружной ж.д.: машинист".
Был беспартийным.
Последний раз Михаил Дмитриевич Афанасьев был арестован 7 августа 1937 г.
Приговор вынесен Тройкой при УНКВД СССР по Московской обл. 15 сентября 1937 г. Был расстрелян 16 сентября 1937 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 26 февраля 1962 г. за отсутствием состава преступления.