Родился в 1893 г. Место рождения: Воронежская обл., Новосильский р-н, с. М. Теплое.
Русский.
Род деятельности к моменту ареста - "Малинский лесоучасток: счетовод".
Был беспартийным.
Последний раз Пафнутий Иванович Афонин был арестован 24 февраля 1938 г.
Приговор вынесен Тройкой при УНКВД СССР по Московской обл. 20 июня 1938 г. Был расстрелян 26 июля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 29 августа 1989 г. за отсутствием состава преступления.