Родился в 1906 г. Место рождения: Армянская ССР, с. Золохар.
Армянин.
Получил среднее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "Куровской меланжевый комбинат: пом. главного механика по строительной части". Был беспартийным.Последний раз Михаил Данилович Ваганян был арестован 27 октября 1937 г.
Приговор вынесен Тройкой при УНКВД СССР по Московской обл. 19 ноября 1937 г. Был расстрелян 27 ноября 1937 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Нет информации о реабилитации.