Родился в 1886 г. Место рождения: Днепропетровская обл., с. Кантенлусфельд.
Немец.
Получил среднее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "гостиница 'Метрополь': бухгалтер". Был беспартийным.Последний раз Яков Яковлевич Варкентин был арестован 21 февраля 1938 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратурой СССР 1 июня 1938 г. Был расстрелян 16 июня 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 12 сентября 1989 г. за отсутствием состава преступления.