Родился в 1905 г. Место рождения: Лифляндская губ., Валкский уезд, м. Мариенбург.
Получил среднее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "Подольский завод №17: начальник группы ОТК". Был член ВКП(б).Последний раз Эрнст Павлович Веппер был арестован 23 декaбря 1937 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратурой СССР 24 января 1938 г. Был расстрелян 3 февраля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 18 июля 1957 г. за отсутствием состава преступления.