Родился в 1893 г. Место рождения: Латвия, г. Рига.
Латыш.
Получил высшее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "Мособлкоопинсоюз: начальник производственного сектора". Был член ВКП(б) с 1919.Последний раз Стефан Яковлевич Калнин был арестован 28 января 1938 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратуры СССР 23 марта 1938 г. Был расстрелян 5 апреля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 14 сентября 1989 г. за отсутствием состава преступления.