Родился в 1891 г. Место рождения: Лифляндская губ., хут. Ныгли.
Последний раз Ян Яковлевич Калнынь был арестован 7 марта 1938 г.
Приговор вынесен тройкой при УНКВД СССР по Московской обл. 29 июля 1938 г. Был расстрелян 20 августа 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 29 сентября 1989 г. за отсутствием состава преступления.