Родился в 1906 г. Место рождения: Латвия, Лифляндская губ., Сигизмундская вол., местечко Алаж, быв.
Латыш.
Получил высшее образование.
Был беспартийным.Последний раз Ян Янович Калнынь был арестован 17 января 1937 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратуры СССР 20 февраля 1938 г. Был расстрелян 14 марта 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 4 ноября 2001 г. за отсутствием состава преступления.