Родился в 1897 г. Место рождения: Латвия, Курляндская губ., Фридрихштадский уезд, с. Удинаны.
Латыш.
Получил среднее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "Красногорская районная инспекция Госстраха в г. Москве: старший инспектор". Был член ВКП(б) с 1920.Последний раз Ян Янович Калнышкан был арестован 25 января 1937 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратуры СССР 11 февраля 1938 г. Был расстрелян 27 апреля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 23 сентября 1957 г. за отсутствием состава преступления.