Родился в 1893 г. Место рождения: с. Клетки (Клетня) Дорогобужского уезда Смоленской губ.
Русский.
Получил высшее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "главный бухгалтер на строительстве Сталинской водопроводной станции (вольнонаемный).". Был беспартийным.Последний раз Федор Яковлевич Трофимов был арестован 28 января 1938 г.
Приговор вынесен тройкой при УНКВД СССР по Московской обл. 2 февраля 1938 г. Был расстрелян 5 февраля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 21 июня 1957 г. за отсутствием состава преступления.