Родился в 1878 г. Место рождения: Курская обл., г. Льгов.
Русский.
Род деятельности к моменту ареста - "институт усовершенствования врачей: сторож".
Был беспартийным.
Последний раз Николай Иванович Шефер был арестован 28 февраля 1937 г.
Приговор вынесен Тройкой при УНКВД СССР по МО 4 марта 1938 г. Был расстрелян 8 марта 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 19 июля 2001 г. за отсутствием состава преступления.