Родился в 1896 г. Место рождения: Моск. обл., Озерский р-н, с. Марково.
Русский.
Род деятельности к моменту ареста - "хлопчатобумажный комбинат г.Озеры: лаборант".
Был беспартийным.
Последний раз Василий Яковлевич Варлыгин был арестован 12 марта 1938 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратурой СССР 28 августа 1938 г. Был расстрелян 10 сентября 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 29 сентября 1989 г. за отсутствием состава преступления.