Родился в 1900 г. Место рождения: Польша, г. Варшава.
Поляк.
Получил среднее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "работал в милиции в Иваньковской обл., г. Фрунзе, на Северном Кавказе, перед арестом работал бухгалтером в совхозе Садвинтреста". Был беспартийным.Последний раз Стефан Иванович Пеньковский был арестован 14 февраля 1938 г.
Приговор вынесен Тройкой при УНКВД СССР по Московской обл. 25 февраля 1938 г. Был расстрелян 28 февраля 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 29 марта 1990 г. за отсутствием состава преступления.